汤姆索亚是美国圣比特斯堡小镇上一个淘气的机灵鬼，他的父母把他托付给他的姨妈，跟随姨妈生活，而姨妈却管不住他，他不是那种听话本分的乖孩子，而是镇上的孩子头儿。喜欢带孩子们搞恶作剧，喜欢马戏，会纳大顶，他在伙伴的眼里那简直是无所不能。
汤姆有几个好朋友，但最和他臭味相投的是镇上那个脏兮兮的流浪儿哈克贝利费恩，他的父亲是一个酒鬼，从不管他，他就成了一个野孩子，在大人的眼中，他是一个无赖，但是在孩子们的眼中，他是一个有趣的玩伴。汤姆把当海盗的想法告诉了哈克，于是他们约好今天半夜去墓地。在阴风吹拂下，他们亲眼目睹了一场凶杀案，印第安人乔杀死了医生，又嫁祸给酒鬼，两人因害怕印第安人发誓绝不开口说这个案子。
练胆成功后，汤姆和乔带着从家里偷出来的食物并叫上哈克，找到一艘小木筏，漂到密西西河下游的杰克逊岛，那里荒无人烟，没有大人的唠叨，是三个小海盗的乐土。开始了一段神奇的探险之旅。
镇上的人急坏了，怎么也找不到他们，镇上的人都以为他们死了。星期天镇上正为那几个死去的孩子开追悼会时，三个孩子扭扭捏捏的走到亲人面前。汤姆成了学校里的英雄。蓓琪也在不久之后与他重归于好。
不久后，法院终于要审理那场凶杀案——大家都以为凶手是波特时，汤姆克服恐惧，告发了印第安乔，但乔却当场逃走了。汤姆陷入了极度不安之中。
一天，汤姆和哈克走进河边的一所”闹鬼”的老房子。他俩上了楼，不一会儿，看到楼下来了两个人，原来正是印第安人和他的同伙。这两人不知从什么地方弄来了不少钱，正往地里埋。没想到竟从地里挖出一个箱子，打开一看，里面全是钱。这时印第安人听到一点响动，他怀疑楼上有人，就想上去看看。汤姆和哈克正在不知如何是好时，早已朽烂的楼梯塌了，印第安人没能上楼。
后来，汤姆侦察出印第安人乔住进了一个客栈，他和哈克合计趁印第安人乔外出时，搬走钱箱。几天后，蓓琪、汤姆和一些其他朋友去”野餐会”，他们来到了麦克杜格尔洞——一个迷宫般的岩洞里玩。汤姆和蓓琪光顾着玩耍，脱离了大伙儿，迷路了。他们在洞里历尽波折，饥饿、干渴、黑暗和恐惧不断袭击着无助的他们。过了好几天，他们也没找到出路。更可怕的是，他们在洞中看见了印第安乔。
同一天晚上，哈克发现印第安人乔和他的同伙挟着东西上山了，哈克想他们肯定是转移财务，就远远地跟踪。印第安人来到一个寡妇的山庄，要对寡妇下毒手，哈克忙敲开一户人家的门，在这家人的帮助下，救出了寡妇。
镇上的人们都以为他们死在洞中了，波莉姨妈和撒切尔一家都悲痛极了。直到一天半夜——镇上突然喧闹起来——汤姆和蓓琪被找到了！原来，汤姆牵着绑在石头上的风筝线探路，最后找到了一个出口。最后被几个好心人送了回来。
由于这件事，洞口被封了。汤姆知道后，便把印第安人乔在洞里的事告诉了蓓琪的爸爸撒切尔法官。法官便带人去查看，洞门被打开了，但印第安人乔早就饿死了。
后来，汤姆经过分析，判定宝藏已经被印第安人乔藏到岩洞中了。于是他和哈克偷偷地潜入到岩洞中，并根据他们偷听到的描述，找到了一个宝箱——里面有一万两千余元！发现宝藏的他们成了大富翁。汤姆和哈克平分了这笔钱。哈克救过庄园主寡妇，寡妇很喜欢哈克，变收下哈克作自己的养子。
从此以后，汤姆和哈克变成了小镇上的”风云人物”，不仅走到哪儿都会受到欢迎，而且他们俩的小传还登在了镇报上。
